Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kendari merupakan satu-satunya perguruan tinggi keagamaan yang berstatus negeri di Sulawesi Tenggara. Penerimaan calon mahasiswa baru diselenggarakan dalam 3 jalur yaitu Jalur SPAN PTKIN, Jalur UM-PTKIN, dan Jalur Mandiri. Pada prinsipnya program studi yang ada di Perguruan Tinggi Keagamaan sama dengan Perguruan Tinggi Negeri lainnya.
Biaya Uang Kuliah Tunggal (UKT) yang relatif lebih murah berkisar antara Rp.400.000 hingga Rp.2.400.000 tanpa memungut Uang Pangkal. Para calon mahasiswa biasanya mencari mana program studi yang paling sesuai dengan bakat dan minatnya. Pada IAIN Kendari banyak pilihan program studi yang bisa dipilih oleh calon mahasiswa. Terdapat 20 program studi yang siap untuk dijadikan destinasi. Namun di antara semua program studi tersebut, ada 10 program studi yang paling banyak diminati oleh calon mahasiswa baru setiap tahun, yaitu Program Studi:
(1) Hukum Tatanegara (SH)
(2) Ilmu Alquran dan Tafsir (S.Ag)
(3) Ekonomi Syariah (SE)
(4) Perbankan Syariah (SE)
(5) Manajemen Bisnis Syariah (SE)
(6) Pendidikan Agama Islam (S.Pd)
(7) Manajemen Pendidikan Islam (S.Pd)
(8) Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (S.PD)
(9) Pendidikan Bahasa Inggris (S.Pd)
(10) Pendidikan Islam Anak Usia Dini (S.Pd).
Mengapa 10 Prodi ini yang sangat diminati? Secara kronologis jawabannya karena Prodi Hukum Tatanegara, misalnya saat ini sangat dibutuhkan agar mahasiswa atau lulusannya mampu menyikapi dan menganalisis persoalan politik dan ketatanegaraan seperti pilpres, Pemilukada, Pemilu Legislatif, Pilkades, dan sebagainya. Di samping itu, alumninya banyak terserap di Pemda, pengadilan, kejaksaan, kepolisian dan yang sejenis. Sedangkan Prodi Ilmu Alquran dan Tafsir sangat diminati karena saat ini menjamur Pondok-pondok Tahfidz, sekaligus untuk menjawab kekhawatiran orang tua agar anak-anaknya belajar Alquran dengan sebaik-baiknya. Demikian pula sekolah dan madrasah amat membutuhkan guru-guru Alquran dan Tafsir. Kemudian Prodi Ekonomi Syariah, Perbankan Syariah, dan Manajemen Bisnis Syariah amat diminati pula karena Indonesia saat ini lagi booming perangkat dan lembaga ekonomi syariah, baik lembaga keuangan bank maupun non bank yang membutuhkan tenaga yang sangat banyak, sehingga lulusannya amat dinantikan. Sementara itu, Prodi Pendidikan Agama Islam, Manajemen Pendidikan Islam, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Pendidikan Islam Anak Usia Dini, dan Pendidikan Bahasa Inggris pun amat diminati karena berdasarkan data yang ada bahwa jumlah guru di Indonesia umumnya dan di Sultra khususnya masih sangat kurang terutama di daerah terpencil, sehingga Prodi-prodi keguruan menjadi tujuan calon mahasiswa.
Ada informasi yang berkembang bahwa masuk IAIN Kendari itu harus fasih membaca dan menulis Alquran. Informasi ini tidak sepenuhnya benar karena masih banyak juga calon mahasiswa baru yang belum bisa membaca dan menulis Alquran. Oleh karena itu, pihak kampus sudah mengantisipasinya dengan menyiapkan Rumah Quran Mahasiswa (RQM) yang ada pada setiap fakultas ditambah lagi dengan Ma'had Al-Jami'ah. Kedua lembaga ini intens melakukan pembinaan dan perbaikan bacaan Alquran kepada para mahasiswa sampai fasih dan lancar, sehingga semua mahasiswa yang lulus dari IAIN Kendari dipastikan telah mampu membaca Alquran secara baik.
Adapula informasi yang dikembangkan bahwa kalau sudah mendaftar Jalur Seleksi Nasional Penerimaan Berbasis Prestasi (SNBP) dan Seleksi Nasional Berbasis Tes (SNBT) yang diselenggarakan Lembaga Tes Masuk Perguruan Tinggi (LTMPT) milik Kemendikbud Ristek, maka tidak diperbolehkan lagi untuk mendaftar di Jalur Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN) dan Ujian Masuk Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (UM-PTKIN) milik Kemenag RI. Informasi ini dipandang tidak valid. Jadi calon mahasiswa dapat mendaftarkan diri pada Jalur SPAN-PTKIN dan UM-PTKIN, meski sudah mendaftar Jalur SNPMB dan SNBT karena dikelola oleh kementerian, kepanitiaan, dan fasilitas server yang berbeda.
Pada bagian lain, IAIN Kendari menyiapkan sejumlah beasiswa di antaranya Beasiswa KIP Kuliah, Beasiswa Prestasi, Beasiswa YBM PLN, Beasiswa Bank Indonesia, Beasiswa Dasar-dasar Keislaman, Beasiswa Tahfiz, Beasiswa Bank BSI, Bantuan Pendidikan dari Pemerintah Provinsi Sultra, Pemerintah Kabupaten Konawe Kepulauan, Konawe Utara, Wakatobi, Kolaka Timur, Kota Kendari, dll.