Tahun Akademik 2013/2014 untuk pertama kalinya STAIN Sultan Qaimuddin Kendari menerima mahasiswa baru Pascasarjana dengan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam dengan jumlah Mahasiswa sebanyak 17 orang. Sebelum memasuki perkuliahan, mahasiswa pascasarjana mengikuti Orientasi Perkuliahan, yaitu berisi pengantar atau pengetahuan dasar sebelum memasuki materi perkuliahan. Orientasi ini dialakukan selama dua hari tgl 3-4 September 2013 di gedung perkuliahan Pascasarjana STAIN Sultan Qaimuddin Kendari. Materi Orientasi pada hari pertama dibawakan oleh Dr. Nur Alim M.Pd yang juga merupakan Ketua STAIN Kendari. Insya Allah Tahun depan kita akan membuka tambahan satu program studi lagi yaitu Program Studi Hukum Islam pungkas Dr. Suprianto selaku Direktur Pascasarjana STAIN Kendari.